Janssen dilahirkan di Paris dan mengkaji mathematik dan fizik di fakulti sains. Dia mengajar di lycée Charlemagne pada tahun 1853, dan di jabatan seni bina (architecture) 1865 – 1871, tetepi tenaganya kebanyakannya diberikan kepada pelbagai misi saintifik yang diberikan kepadanya. Dengan itu pada 1857 dia pergi ke Peru bagi menentukan ekuator magnetik; pada 1861 – 1862 dan 1864, dia mengkaji penyerapan tellurik dalam spektrum suria di Itali dan Switzerland; pada tahun 1867 dia melakukan ujian optik dan magnetik di Azores; dia berjaya memantau kedua-dua peralihan Venus, pada tahun 1874 di Jepun, pada 1882 di Oran, Algeria; dan dia mengambil bahagian dalam siri ekspedisi gerhana matahari yang panjang, contoh. ke Trani (1867), Guntur (1868), Algieria (1870), Siam (1875), Kepulauan Caroline (1883), dan ke Alcosebre di Sepanyol (1905). Untuk melihat gerhana 1870 dia melepaskan diri dari Paris yang terkepong dengan menggunakan belon (gerhana tersebut bagaimanapun terlitup awan).